Uczestnicy biorąc udział w Programie Akademia el12 walczą o następujące nagrody:
1. Nagroda roczna dla szkoły - przyznawana dla jednej ze szkół będących uczestnikiem Programu. O przyznaniu nagrody rocznej dla szkoły decyduje liczba zgromadzonych punktów szkoły równa sumie punktów wszystkich uczniów danej szkoły
2. Stypendium – otrzymuje jeden uczeń z każdej szkoły będących uczestnikiem Programu, który uczęszcza do klas od pierwszej do programowo przedostatniej i zgromadził w danym roku największą liczbę punktów w danej szkole
3. Nagrodę rzeczową – otrzymuje jeden uczeń z każdej szkoły będących uczestnikiem Programu, który uczęszcza do klasy programowo ostatniej i zgromadził w danym roku największą liczbę punktów w danej szkole